Jonavos rajonas yra centrinėje Lietuvoje, patogioje geografinėje vietoje. Vieną mažiausių rajonų respublikoje juosia upės: Širvinta, įtekanti į Šventąją ties Dubiais, Šventoji, su daugybe intakų nešanti savo vandenis į Nerį ir įtekanti į ją prie Santakos salos. Rajono teritorija prateka daugybė mažesnių upelių: Šešuva, Lankesa, Lomena, Lietava su savo intaku Lietavyte. Kai kurių tyrinėtojų nuomone (Č. Kudabos, K. Kuzavinio) nuo Lietavos upelio pavadinimo kilo Lietuvos vardas: Lietava – Lietuva. Manoma, kad iš pradžių Lietavos vardu buvo pavadinta upė, o vėliau šis vardas prigijo ir prie jos esančiai teritorijai (Lietuvos žemei). XIII amžiuje, susi¬formavus Lietuvos valstybei, vardas buvo išplėstas visoms jos suvienytoms žemėms vadinti. Ilgainiui pavadinimas Lietava virto Lietuva. Išties taip galėjo būti, nes vandenvardžiai yra senesni už kraštų pavadinimus. 
​

​Šalia Jonavos rajono praeina tarptautinė automagis¬tralė Via Baltica, automobilių magistralės Kaunas–Jonava–Ukmergė–Panevėžys, Vilnius–Kaunas–Klaipėda. Jonavoje susikerta geležinkelio magistralės iš Vilniaus, Kauno ir Klaipėdos. Netoli Jonavos esančiame miestelyje Karmėlavoje veikia tarptautinis oro uostas. Istorinės-geografinės žinios apie kraštą Jonavos apylinkių istorija siekia senovę, kai pačios Jonavos dar nebuvo. Jonavos vietovės rašytiniuose šaltiniuose minimos jau XIV amžiuje. „Livonijos kronikoje“ 1363 m. pirmą kartą minimi Žeimiai (istoriniuose šaltiniuose Žeimiai minimi ir 1384 m. bei 1402 m.), 1364 m. pirmą kartą minimas Svilonių kaimas, o 1373 m. – ir kitos vietovės. 1382 m. „Naujojoje Prūsijos kronikoje“ pirmą kartą minima Kulvos gyvenvietė, 1385 m. „Livonijos kronikoje“ – Visvaldės pilis ant Neries kranto.
​

​XVI–XVII a. Jonavos krašto istoriją kūrė Kulvos, Skarulių, Šilų, Upninkų, Žeimių ir kiti dvarai, miesteliai ir bažnyčios. XVI a., Lietuvoje paplitus reformacijos judėjimui, dabartinio Jonavos rajono valsčiuose ėmė steigtis reformatų bažnyčios. Tikėtina, kad reformatų veikla priklausė nuo vietovę valdžiusio dvarininko pažiūrų. Ryškiausiai krašto reformacijos judėjimo istorijoje pasižymėjo Žeimiai. Tai anksčiausiai istoriniuose šaltiniuose paliudyta Jonavos rajono gyvenvietė (1363 m.). Plačiausiai reformatų veiklą Žeimiuose bei kituose Jonavos rajono miesteliuose atskleidė Ingė Lukšaitė, pavienių žinių pateikia enciklopedija „Mūsų Lietuva“, Žeimių dvaro tyrimo medžiaga. Apie 1522 m. Žeimių miestelyje buvo pastatyta katalikų bažnyčia. XVI a. pirmaisiais dešimtmečiais Žeimius valdė Mikalojus Radvila (apie 1470–1521 m.), Goniondzo-Raigardo šakos kunigaikštis. Vėliau dalį Žeimių dvaro ir Žeimių miestelį ėmė valdyti Zavišos, kurie čia išvystė plačią reformacinę kultūrinę veiklą. Šio laikotarpio Žeimių (Kauno pavietas) istorija kartais painiojama su Žeimelio (Upytės pavietas) istorija, kur veikė liuteronai.  
​

​Tikėtina, kad Žeimiuose protestantų bendruomenė susikūrė XVI a. antroje pusėje. Ji priklausė evangelikų reformatų bažnyčiai. Minima, kad evangelikų bažnyčios pamokslininkas, 1563 m. Krokuvoje pasirašęs evangelikų reformatų bažnyčios sinodo protokolą „Gregorius Cracovius Minister Zielienicensis“, buvo iš Žeimių. 1588 m. evangelikų bažnyčią mini kunigas Simonas Senkevičius, skundęs Žeimių evangelikų reformatų pamokslininką. Tai pirmasis Žeimių evangelikų reformatų bažnyčios paminėjimas istoriniuose šaltiniuose. Tarp Abiejų Tautų Respublikos senatorių evangelikų minimas ir Vitebsko kaštelionas, Žeimių dvaro ir Žeimių miestelio valdytojas Andrius Melchijoras (Merkelis) Zaviša. Būtent jis į Žeimius pakvietė pamokslininką Jokūbą Cieševskį. Mirus M. Zavišai, reformacinę veiklą tęsė jo žmona Darata Zavišienė iš Samboreckių giminės. 
​

​1595 m. kovo mėn. 14 d. Darata Zavišienė užrašė Žeimių evangelikų reformatų bažnyčiai savarankišką fundaciją – visas septynių valakų kaimo pajamas ir kasmetines algas kunigui ir mokytojui, o bažnyčios globėjais paskyrė kalvinistus: Žemaitijos kaštelioną Mikalojų ir jo brolį, LDK medžioklį, Joną Naruševičius. Daratos Zavišienės fundacijos atspindi laiko dvasią, to meto evangelikų reformatų nuostatas ir planus – plėtoti kultūrinę veiklą, ugdyti reformacijos dvasia jaunimą. Būtent su Zavišų vardu susiję du žymūs kultūriniai įvykiai Žeimiuose. Pirmasis – tai evangelikų reformatų parapinės mokyklos įkūrimas. Be jau minėtos kasmetinės algos mokytojui, Darata Zavišienė 1595 m., po to, kai jos sūnus perėjo į katalikybę, skyrė lėšų jau dirbančiam naujame mokyklos pastate mokytojui išlaikyti. Tad 1595 metus pagrįstai galime laikyti Žeimių mokyklos įkūrimo data. Ji yra anksčiausiai įkurta mokykla dabartiniame Jonavos rajone. Vėlesniais metais mokykla nenunyko, ją perėmė katalikai. Žeimių mokykla minima ir vėlesniaisiais, XVIII – XIX, amžiais. 
​

​Antras žymus kultūrinis įvykis, kuris kartu yra ir istorinė mįslė, – ar tikrai Žeimiuose buvo išspausdinta knyga? Lietuvis spaustuvininkas Jokūbas Morkūnas (Markovičius) viename savo leidinių, Pavelo Gilovskio katekizme „Wyklad katechizmu“ (1605 m.), išleidimo vietą nurodo Žeimius. J. Morkūnas 1592–1607 m. knygas spausdino Vilniuje. Jo veiklą rėmė Vilniaus vaivada Kristupas Radvila Perkūnas. I. Lukšaitė teigia, kad pastarajam mirus, 1603 m. J. Morkūnas „... iš Vilniaus važiavo ten, kur buvo ketinančių plėtoti spaudą ir knygą vertinančių globėjų, ir kur pačios bažnyčios turėjo savarankiškų lėšų“. Tad galima manyti, kad J. Morkūnas kurį laiką dirbo Žeimiuose. Katekizmo pratarmę parašė Žeimių pamokslininkas Jokūbas Cieševskis. Joje išgyrė knygos rėmėją Daratą Zavišienę. Tačiau ar dėl vienos knygos būtų įrenginėjama spaustuvė? V. Biržiška mano, kad Žeimiuose spaustuvės nebuvo. Nors ir nėra tikslių žinių, jog spaustuvė veikusi Žeimiuose (galbūt knyga atspausdinta kitur), tačiau oficialiai knygos leidimo vieta palieka Žeimiai.  
​

​Evangelikų reformatų kultūrinė veikla Žeimiuose, be abejo, reikšminga. Tačiau XVII a. ketvirtajame dešimtmetyje evangelikai reformatai praranda pozicijas Žeimiuose. 1631 m. bažnyčia grįžta katalikams.  
​

​Upninkuose taip pat buvo įkurta evangelikų reformatų bažnyčia. Upninkai buvo vienas seniausių Radvilų protėvio Kristino Astiko dvarų. 1447 m. čia funduota katalikų bažnyčia (tai pirmoji bažnyčia Jonavos rajone). Upininkai XVI a. priklausė Vilniaus vyskupijai. Tikėtina, kad Upininkus valdžiusi paskutinė Radvilų Goniondzo-Raigardo šakos atstovė Ona Radvilaitė Kiškienė pakeitė bažnyčios tikėjimą, įkurdama evangelikų reformatų bendruomenę. Miesto istorija Jonavos miesto istorija glaudžiai siejasi su Skarulių dvaru. Ten, kur dabar driekiasi azotinių trąšų gamykla „Achema“, šalia dunksojo Skarulių miestelis – dvaras. Tai labai sena gyvenvietė, vadinta Lipnikais ar Lipininkais. Šio kaimo apylinkėse archeologinių kasinėjimų metu rasta titnaginių ir keramikos dirbinių iš VIII-IX tūkstantmečių prieš Kristų. Istoriniuose šaltiniuose Lipnikų dvaras ir bažnyčia minimi 1522 m. XVI a. pabaigoje dvaras atiteko Skarulskių giminės pirmajam atstovui Baltramiejui. Nuo to laiko Lipnikai pradėti vadinti Skaruliais. 1620–1622 m. Andrius Skarulskis pastatė naują mūrinę Šv. Onos bažnyčią. Skarulių bažnyčia yra labai originalios architektūros. Panašių bažnyčių Lietuvoje tėra trys. Ji renesansinė, nors turi ryškių gotikos bruožų. Jonavos bažnyčia net iki 1922 m. buvo tik Skarulių bažnyčios filija. Skaruliuose XVIII a. jau veikė mokykla. 
​

​Jonava kūrėsi greta Skarulių dvaro, prie kelių brastos per Nerį. Ties šia brasta susikirsdavo vieškeliai, ėję į Vilnių, Kėdainius bei Lietuvos šiaurę ir latvių žemes. Ties brasta buvo ir dvi kryžkelės: dešinėje upės pusėje kirtosi Kauno-Ukmergės keliai, kairėje – susikirsdavo Kėdainių-Žiežmarių-Vilniaus bei Kauno-Ukmergės vieškelis. Žemės abipus Neries ties brasta jau nuo XVI a. pabaigos priklausė Skarulskiams, o XVIII a. pradžioje šios žemės ir dvaras atiteko Kauno pavieto paseniūniui Domininkui Kosakovskiui. Apie 1740 m. kitoje Neries pusėje jis pasistatydino sau rūmus, kuriuose ir apsigyveno. Manoma, kad prie kelių kryžkelės besikuriančią naująją gyvenvietę Domininkas Kosakovskis pavadino savo tėvo Jono arba Jano vardu. 1750 m. rugpjūčio 8 d. Lenkijos karalius ir LDK kunigaikštis Augustas III Marijonai Kosakovskienei suteikė privilegiją: „…įkurti Jonavos miestelį, leisti jame turgus ir prekymečius, apgyvendinti laisvus įvairių religijų žmones, t. y. krikščionis, totorius, žydus…“. Šiuos metus laikome Jonavos miesto įkūrimo data. Istoriniai tyrinėjimai rodo, kad, suteikiant privilegiją, Jonava dar buvo kaimas, t. y. žemdirbių gyvenvietė, o ne miestelis, nors taip ir vadintas. Čia 1750 m. buvo pastatyta pirmoji medinė bažnyčia. Gyvenvietė kūrėsi pietų-šiaurės kryptimi pagal vieną gatvę, ėjusią Kėdainių-Žeimių kryptimi. Kauno-Ukmergės kelias, ėjęs šalia dvaro sodybos, jungė abu gyvenvietės galus. 
​

​Nuo 1776 m. Jonava ir Skaruliai atiteko Domininko Kosakovskio ir Marijonos Kosakovskienės sūnui, Vilniaus vyskupui Juozapui Kosakovskiui, kuris naujai įkurtai gyvenvietei skyrė žymiai daugiau dėmesio negu jo tėvas Domininkas. Apie 1776 m. jis prie Jonavos bažnyčios įkurdino trinitorių (Marijonų) vienuolyną. Nors vienuolių nuolat čia gyvendavo nedaug, tačiau jie rūpinosi bažnyčios įtakos plėtimu. Manoma, kad 1776 m. Jonavoje veikė du vienuolynai: vyrų ir moterų. Vyskupas visaip skatino žmones keltis į miestelį: skirdavo žemės sklypus įsikūrimui, veltui duodavo miško namų statybai. Šias lengvatas vietiniai gyventojai praminė „vyskupo privilegijomis“. 1778 m. veikė alaus darykla. 1784 m. miestelyje gyveno 59 žydų šeimos, o 1789 m. iš Jonavoje gyvenusių 119 šeimų žydai sudarė daugiau kaip pusę. 
​

​Vyskupas, iš Vilniaus pasikvietęs žinomą architektą Lauryną Stuoką-Gucevičių, pavedė jam paruošti naujos bažnyčios projektą. Apie 1791 m. Jonavoje pradėta statyti mūrinė bažnyčia ir vienuolynas su klebonija. 1793 m. pastatytą bažnyčią pašventino pats fundatorius vyskupas Juozapas Kosakovskis. Bažnyčia, vienuolynas bei vyskupo Juozapo Kosakovskio rūmai XVIII a. pabaigoje ir sudarė Jonavos centrą, apie kurį jau tuomet spietėsi kelios dešimtys nedidelių miestelėnų namelių.  
​

​Jonava, įsikūrusi prie judraus prekybinio vandens kelio, sausumos kelių, jau XVIII a. pabaigoje ir XIX a. pradžioje formavosi kaip prekybinis miestelis. Čia apsigyveno daug pirklių, steigėsi prekybinės įstaigos, buvo įrengta laivų prieplauka. Besivystant prekybai, miestelyje vis daugiau buvo statoma namų, pagausėjo gyventojų. 
​

​1812 m. Napoleono invazija sustabdė Jonavos miestelio vystymąsi. Per ją žygiavo stambūs armijos kariniai daliniai. Apie 1820 m. ant Neries kranto, prie senojo Vilniaus kelio, stovėjo stulpas su užrašu, liudijančiu, jog Jonavos miestelyje yra 133 kiemai.  
​

​Jonavos kraštą plačiai buvo apėmęs 1831 m. sukilimas. Sukilėliams vadovavo bajoras Mauricijus Prozoras. Sukilėliai užėmė Jonavą. Miestelį bei jo apylinkes kontroliavo daugiau kaip tris mėnesius. Tuo pačiu metu Jonavos miškuose buvo susibūrę generolo Antano Gelgaudo sukilėlių būriai. Numalšinus sukilimą, Jonavoje įkurdinama Rusijos kareivių įgula, nemažai jonaviečių buvo ištremti, o į jų vietą atkelti stačiatikiai iš Rusijos gilumos gubernijų. 
​

​Jonavos gyventojų skaičiaus augimą ir prekybos vystymąsi skatino Peterburgo-Varšuvos trakto nutiesimas (1835–1836 m.). Miestelyje padaugėjo pirklių, padaugėjo atvykstančių į turgus ir muges, per Jonavą daugiau buvo išgabenama vaisių, grūdų kitų produktų bei vietos amatininkų gaminių. Kartu su magistralės tiesimu miesteliuose buvo statomos pagrindinės ir tarpinės arklių pašto stotys. 1835 m. pastatyta Jonavos pagrindinė arklių pašto stotis (architektas Vaclovas Ritšelis) buvo viena geriausiai įrengta Peterburgo–Varšuvos plento Daugpilis–Kaunas ruože. Čia buvo pastatytos mūrinės arklidės keičiamiems pašto arkliams, įrengti patogūs vežėjų ir keleivių nakvynės kambariai, pergabenamų siuntų skirstymo ir laikymo bei kitos patalpos. Dabar šiose patalpose įsikūręs Krašto muziejus.  
​

​Iki pat XIX a. pabaigos tiltas per Nerį nebuvo pastatytas. Jonavoje visus keleivius ir krovinius per Neries upę perkeldavo keltai. 1843 m. įrengtas trečias valdiškas savaeigis keltas (du kiti keltai buvo privatūs). Apie 1838 m. per Jonavą buvo nutiesta viena pirmųjų carinėje Rusijoje bevielio optinio telegrafo linija (1854 m. pakeista elektromagnetinio laidinio telegrafo linijomis). Be Peterburgo–Varšuvos trakto, nuo seno pro Jonavą transportas vykdavo Neries upe. Pirmiausia Neris buvo naudojama sieliams plukdyti. Tai buvo beveik trečdalio Jonavos gyventojų užsiėmimas. Iki XIX a. vidurio prekėms pervežti Nemunu ir Nerimi buvo naudojami įvairiausių pavadinimų laivai (buriniai, irkliniai ir kt.) arba paprasčiausi plaustai. XIX a. pradžioje dešinėje Neries pusėje buvo įrengta patogi upių prieplauka – viena iš dešimties to meto Nemuno ir Neries prieplaukų. Pirmasis garlaivis Nerimi pro Jonavą praplaukė 1854 m. Tai buvo istorinis įvykis visos Lietuvos laivininkystėje, nes „Neries“ vardu pavadintas laivas buvo pirmasis keleivinis garlaivis Lietuvos upėse. Nemuno ir Neries transportinė reikšmė ypač išaugo Krymo karo (1853–1856 m.) metu, kai laivybinėmis imperijos upėmis smarkiai padidėjo prekių ir keleivių pervežimas. 
​

​1857 m. Jonava gerokai išsiplėtė. Tais metais buvo 287 namai, pašto stotis, bažnyčia, ligoninė, 1560 nuolatinių gyventojų. Jonavą, kaip ir daugelį medinių miestelių, ne kartą nusiaubė gaisrai. Vienas didelis gaisras įvyko apie 1862 m. Dar baisesnis buvo 1894 m. gaisras. 
​

​Po 1863 m. sukilimo, kuris buvo apėmęs ir Jonavos apylinkes, numalšinimo, Jonavoje uždaryta iki tol veikusi parapijinė mokykla, vietiniai gyventojai buvo grūdami į kalėjimus, vežami į Sibirą, o Jonavos apylinkėse, kaip ir visoje Lietuvoje, buvo įkurdinti kolonistai stačiatikiai. Dar prieš pastatant naują katalikų vienuolyną, vienuoliai trinitoriai-marijonai jau mokė vaikus. 1871 m. iš Rumšiškių į Jonavą buvo perkelta pradinė mokykla, prie kurios įsteigta speciali amatų klasė su stalių-račių skyriumi. XIX a. pabaigoje veikė Jonavos dviklasė pradinė mokykla su batsiuvių amato klase, taip pat valdiška pradinių klasių liaudies mokykla. 1871 m. Jonavoje gyveno 2920 žmonių. Miesto plotas siekė maždaug 53 ha.  
​

​Jonavos turgūs ir mugės garsėjo grūdų, arklių prekyba. 1871 m. per Jonavą nutiestas Romnų–Liepojos geležinkelis, pagyvėjo prekyba su Vakarais. Pirkliai jungėsi į gildijas. XIX a. pabaigoje Jonavoje buvo net 62 parduotuvės, viešbutis atvykstantiems, 3 užvažiuojamieji kiemai, 2 „traktieriai“ (pakelės restoranai), 19 aludžių, vaistinė. Išsiplėtus prekybai ir pagerėjus susisiekimui, sparčiai vystėsi įvairūs amatai. Amatininkai mieste priklausė cechams. Jau XIX a. antroje pusėje jonaviečiai garsėjo savo stalių ir dailidžių, daugiausia račių, dirbiniais. Prekės ir amatininkų gaminiai iš Jonavos buvo vežami į tolimesnius kraštus: Rygą, Liepoją, Daugpilį, Peterburgą. Geležinkelis smarkiai sumažino Peterburgo–Varšuvos trakto Zarasų–Kauno plento reikšmę. Keleivių ir krovinių srautas plentu sumažėjo beveik dvigubai. Pradėjus geležinkeliu gabenti žemės ūkio produktus ir pramonines prekes, Nerimi beveik išimtinai pradėta plukdyti tik sieliai. 1892 m. pro Jonavą Neries upe praplaukė apie 5 tūkst. sielių. 
​

​XIX a. pabaigoje Jonavoje ir jos apylinkėse gyveno net keli tūkstančiai stačiatikių. Jiems 1890–1893 m. buvo pastatyta cerkvė (už arklių pašto stoties). 1893 m. Jonavoje buvo 3350 gyventojų (iš jų net 3069 žydai). Sinagogų (žydų maldos namų) skaičius atskirais metais buvo nevienodas (1893 m. – 7, 1905 m. – 3). Augant prekybai, Jonavoje atsirado ir reformatų liuteronų (kalvinų), kurie taip pat pasistatė savo maldos namus. 
​

​1905 m. gegužės mėnesį Jonavą ištiko bene didžiausias gaisras per visą jos gyvavimo istoriją. Tada sudegė daugiau kaip pusė miestelio, 2000 šeimų liko be pastogės. 

​XX a. pradžioje amatai palaipsniui peraugo į pramoninę gamybą, atsirado fabrikų. Vakarinėje miesto dalyje, prie į Nerį įtekančio Varnelės upelio, buvo pastatyti du malūnai. Miestelio transportą dar labiau pagyvino prieš pat I-ąjį pasaulinį karą, 1914 m., inžinieriaus Petro Vileišio suprojektuoti ir jo rūpesčiu pastatyti du (geležinkelio ir plento) metaliniai tiltai per Nerį. 1908 m. tarp Jonavos ir Kauno pradėjo plaukioti garlaivis „Žvaigždė“. 1909 m. pro Jonavą pradėjo važiuoti pirmieji keleiviniai autobusai (tarp Kauno ir Ukmergės). 
​

​1912 m. Jonavoje pradėjo veikti degtukų fabrikas „Uran“. 1913 m. prie malūno įrengiama garo varoma lentpjūvė, veikė kelios alaus daryklos, acto fabrikas. Tuo metu miestelyje gyveno 5644 žmonės. Per I-ąjį pasaulinį karą į Rusiją buvo evakuota daug gyventojų. Per karo suirutę nuskurdo Jonavos ekonomika, smarkiai sumenko amatai. Pramonė atsikūrė per kelerius metus. 1922 m. pastatytas naujas degtukų fabrikas „Uran“ (degtukų gamyboje įsigalėjus švedų monopoliui, 1930 m. fabrikas buvo uždarytas). 1923 m., kai Jonavai buvo suteiktos miesto teisės, joje gyveno 4308 žmonės. Net 1939 m. prieškarinis gyventojų skaičius nebuvo atsikūręs – Jonavoje buvo 5465 gyventojai.  
​

​1918–1919 m. jonaviečiai aktyviai kovojo dėl Lietuvos nepriklausomybės. 1918 m. Jonavos apylinkėse kūrėsi pirmieji savanorių būriai, vadovaujami karininko J. Variakojo. 1919 m. vasario 7 d. savanorių kariuomenei, vadovaujamai karininkų J. Variakojo, J. Šarakausko ir K. Dragunevičiaus, pavyko atremti rusų ir vokiečių puolimą. Atsikūrus Lietuvos valstybei, Jonavos miesto tarybos pirmininku buvo išrinktas gydytojas, vertėjas Jeronimas Ralys. 

​

​​Tautinis jonaviečių atgimimas prasidėjo vėlai, nes lietuvių tautinę savimonę slopino dvarininkai, šlėktos, rusai, gyventojai buvo nutautėję. Vis dėlto Jonavoje dirbo ir kūrė nemažai šviesuolių, kultūros ir visuomenės veikėjų, aktyvi buvo šaulių ir jaunalietuvių organizacijų veikla.  
​

​Nuo 1930 m. miestas formuotas ir tvarkytas sparčiau. Kadangi iki 1932 m. mūrinių pastatų zona Jonavoje nebuvo numatyta, centre taip pat statyta daugiausia iš medžio. 1931 m. pastatytas paminklas Homero „Iliados“ ir „Odisėjos“ vertėjui daktarui Jeronimui Raliui (architektas A. Netiksa). 1932 m. Jonavoje veikė 45 dirbtuvės, 2 acto ir žvakių gamybos įmonės, 3 spirito varyklos. 
​

​Tarpukario metais sparčiausiai vystėsi baldų gamyba. Daugelis baldininkų dirbo savo namuose, tačiau veikė ir per 20 stambesnių baldų dirbtuvių. Jonaviečių pagaminti baldai pasižymėjo gera kokybe ir buvo vertinami visoje Lietuvoje. Šiuo laikotarpiu dar veikė betono vamzdžių dirbtuvė, plytinė ir koklių gamykla, keli malūnai ir lentpjūvės, daugybė parduotuvių, keli bankai, siaurųjų geležinkelių remonto dirbtuvės, elektros stotis, vyno gamykla, saldainių fabrikėlis ir kitos dirbtuvės. Taip pat vietiniai Jonavos gyventojai nuo seno vertėsi žvejyba. Tarpukario metais mugės Jonavoje vykdavo retai, daugiausia prekiauta tik turgų dienomis. Beveik visiškai neliko tranzitinės prekybos, perpardavimo, prekyba susmulkėjo.
​

​Jonava augo palyginti lėtai. Teigiama buvo tai, kad apskrities ir vietos valdžia daug dėmesio skyrė miesto tvarkymui. Atsirado naujos gatvės. Gyvenamieji namai buvo mediniai, tačiau visuomeninius pastatus stengtasi statyti mūrinius. Taip 1935 m., nugriovus stačiatikių cerkvę šalia Žeimių gatvės, jos vietoje pastatyta nauja mūrinė dviaukštė pradžios mokykla. 1934–1935 m. perstatyta Jonavos Šv. apaštalo Jokūbo bažnyčia. Klebono P. Vaitiekūno iniciatyva prie klasicistinio stiliaus fasado pristatyti du bokštai, nugriauta senoji varpinė – vartai ant šventoriaus ir aikštės ribos, pakeičiant ją neišraiškingos architektūros įėjimu su tvora. Jonava su bažnyčios architektūrine dominante įgijo daugeliui Lietuvos miestų ir miestelių būdingą panoramą. Artėjant Lietuvos nepriklausomybės paskelbimo dvidešimtmečiui, Jonava buvo sutvarkyta: nugriauta nemaža prastos išvaizdos medinių namų, išgrįsta dauguma gatvių, įrengti šaligatviai, miestas apželdintas. Jonavoje ir jos apylinkėse neretai svečiuodavosi Lietuvos prezidentas Antanas Smetona, Vyriausybės premjeras Juozas Tūbelis bei kiti aukšti valdžios pareigūnai. Lankydamas mieste įsikūrusią Vytauto Didžiojo kuopą, dažnas svečias Jonavoje būdavo ir kariuomenės vadas Stasys Raštikis.
​

​Ketvirtojo dešimtmečio pabaigoje Jonava jau turėjo įprastą valsčiaus centro vaizdą su visomis tokiam centrui reikalingomis įstaigomis. Miestas buvo labai margas tautiniu atžvilgiu. Nors absoliučią daugumą – apie tris ketvirtadalius – gyventojų sudarė žydai, tačiau įmonėse, viešame gyvenime buvo kalbamasi ne tik lietuviškai, bet ir lenkiškai, rusiškai. Gerokai sulenkintos ir surusintos buvo ir Jonavos apylinkės. Dideli nuopelnai atgaivinant tautiškumą tenka mokytojams Jonui Kartanui ir Baliui Garmui bei vaistininkui Steponui Nasvyčiui. Įvairių tautybių Jonavos gyventojams didelį autoritetą turėjo gydytojas, antikinės literatūros vertėjas Jeronimas Ralys. Kultūrinį tautinį švietimą aktyviai vykdė Šaulių sąjungos Jonavos būrys, ypač jo pirmininkas, Vyčio kryžiaus ordininkas, buvęs knygnešys Justinas Vareikis. Ankstesnių patriotų darbą sėkmingai tęsė kunigas Petras Vaitiekūnas. Tapęs Jonavos burmistru, jis bažnyčios rūsiuose įrengė susirinkimams skirtą salę (čia tilpdavo per 1000 žmonių). Kultūrinį gyvenimą dažnai paįvairindavo įvairūs renginiai. Didelis renginys – 1935 m. vasarą surengta Tautos diena, kurioje dalyvavo keli tūkstančiai įvairių tautybių žmonių. 1939 m. duris atvėrė Jonavos viešoji biblioteka.
​

​Jonava buvo proletariškas miestas: gamyklų, dirbtuvių ir kitų įmonių darbininkai sudarė trečdalį visų gyventojų. Darbo sąlygos buvo sunkios. Tuo naudojosi Sovietų Sąjungos inspiruojami agitatoriai. Todėl čia anksti įsisteigė komunistinės kuopelės, buvo rengiami streikai. Nevienareikšmiškai jonaviečiai sutiko pirmąją sovietinę okupaciją. Prasidėjo represijos prieš tautos inteligentiją, mokytojus. 1941 m. birželio 14-osios naktį sovietiniai saugumiečiai suėmė ir ištrėmė per 60 Jonavos ir jos apylinkių šeimų. Tos baisios akcijos metu buvo pašautas ir dar gyvas užkastas Žeimių pradžios mokyklos mokytojas J. Garbšys, suimta knygnešio ir savanorio, buvusio šaulių būrio vado Justino Vareikio šeima, mokytojų B. Lengvenio, B. Kiškio, J. Slapšio ir daugelio kitų šeimos. 
​

​II-ojo pasaulinio karo metais beveik visa Jonava buvo sugriauta ir sudeginta. 1941 m. birželio 25 d. vokiečiai užėmė Jonavą. 

​

​1941 m. birželio 26 d. sovietų kariai Skaruliuose sušaudė tris kunigus: Skarulių kleboną Pranciškų Vitkevičių, Veprių kleboną Boleslovą Vėgėlę ir Vilniaus krašto kunigą Zigmantą Stankevičių. 1941 m. trijų kunigų sušaudymo vietose buvo pastatyti kryžiai. Pokario metais jie buvo sunaikinti. Kryžiai sušaudytiems kunigams atstatyti 1989 m. Jie pastatyti kelyje Jonava-Skaruliai-Rukla.
​

​Jau pirmosiomis naujos okupacijos dienomis prasidėjo represijos prieš sovietinės valdžios rėmėjus ir žydų tautybės jonaviečius. Žydų ir atvežtų karo belaisvių masinio naikinimo vieta tapo miesto pakraštyje esantis Girelės miškas. Genocido metu Jonavoje nužudyta per 4000 žmonių. Iš jų daugiausia buvo Jonavos žydai, sudarę apie 2 procentus visos Lietuvos žydų bendruomenės ir keturis penktadalius Jonavos gyventojų. Negreit ir palengva iš pelenų prisikėlė miestas. Tik po metų pradėjo veikti gimnazija ir abi pradinės mokyklos. Po dvejų metų buvo vėl atnaujinta gamyba dar 1930 m. uždarytame degtukų fabrike, po trejų metų – baldų fabrike. Karo negandų pėdsakai buvo žymūs beveik porą dešimtmečių. Jonavos gyventojų skaičius prieškarinį lygį pasiekė tik 1961 m.
​

​Pasibaigus karui, Lietuvos patriotai ištisą dešimtmetį visaip priešinosi sovietinei okupacijai. Pokario metais Jonavos apylinkėse vyko rezistencinės kovos. Aplink visą Jonavą aktyviai veikė daugiau kaip dešimt ginkluotų kovotojų būrių: „Žilvičio“, „Slyvos“, „Pelėdos“, „Dobilo“, „Tigro“, „Baravyko“ ir kiti. Vėl pajudėjo ešelonai su ištremtais ūkininkais, partizanų giminėmis… 
​

​1946 m. rudenį būrelis Jonavos progimnazijos mokinių (šeši septintokai – Marytė Pinkevičiūtė, Leontina Eimontaitė, Elytė Simanavičiūtė, Aleksandra Baranauskaitė, Stasys Špokas, Juozas Bikinas ir vienas šeštokas – Viktoras Geduška) leido nelegalų laikraštėlį „Petys į petį“. Tų metų vėlų rudenį progimnazijoje buvo supjaustyti vadų portretai. Apkaltinta 7-oji klasė. Vieną dieną į klasę nebeatėjo S. Špokas. Gruodžio 27 d. suimti visi: L. Eimontaitė, E. Simanavičiūtė, M. Pinkevičiūtė, A. Baranauskaitė, J. Kreičmaraitė, o taip pat ir J. Bikinas, V. Geduška, S. Karaliūnas. Kratos metu L. Eimontaitės namuose buvo rastas ruošiamas laikraštėlio antrasis numeris, o pas berniukus rado ginklų (jie ruošėsi pas partizanus). Šiems gimnazistams nebuvo leista baigti mokslų. 1947 m. kovo mėn. jie nuteisti 10 metų „už tėvynės išdavimą ir organizuotą priešišką veiklą“, ištremti į Sibirą. Tremtyje merginos kartu su tremtine mokytoja Adele Dirsyte parašė ir iš maišų ištrauktais siūlais įrišo unikalią maldaknygę, kurios originalas pasiekė net išeivijos lietuvius. 1948–1949 m. ištremti ir šių gimnazistų artimieji. 
​

​1941–1953 m. iš Jonavos valsčiaus ištremta per 1300 žmonių. 1989 m. birželio 13 d. prie Jonavos geležinkelio stoties sienos pritvirtinta ir atidengta paminklinė lenta tremtinių, vežtų iš Jonavos geležinkelio stoties, atminimui. Lentą išliejo rezistentas, metalo liejikas K. Šimkus. Sovietmečio laikais miestas išaugo. 1946 m. Jonavoje pradėjo veikti baldų fabrikas (nuo 1958 m. – baldų kombinatas). 1950 m. Jonava tapo rajono centru. 1951 m. pradėjo eiti rajoninis laikraštis „Pergalės vėliava“ (nuo 1965 m. – „Jonavos balsas“). 1960 m. Jonavoje įsikūrė Autotransporto įmonė, 1965 m. duris atvėrė kino teatras „Jaunystė“, 1967 m. įkurtas Jonavos chemijos statybos trestas. 
​

​1962 m. Jonavoje pradėta statyti azotinių trąšų gamykla, kuri tapo stambiausiu mineralinių trąšų gamybos centru Pabaltijyje. 1965 m. gamykla jau pradėjo veikti. Įmonė sparčiai plėtėsi ir augo. Plečiant „Azoto“ įmonę, Jonava tapo Lietuvos didžiosios chemijos centru. Septintąjį dešimtmetį ir Jonavos baldų kombinatas tapo viena didžiausių gamybos įmonių Lietuvoje. Jonavos baldininkų gaminiai buvo vertinami ne tik Lietuvoje ir Sovietų sąjungoje, bet buvo pripažįstami ir pelnė apdovanojimus Paryžiuje, Londone, Leipcige ir kitur. Augant pramonei, kompleksiškai vystomos ir kitos veiklos sferos, statybos. Septintą-aštuntą dešimtmetį Jonavos miesto augimo tempai buvo didžiausi Lietuvoje. 1970 m. Jonavoje pastatyta autobusų stotis (1978 m. – naujoji), 1971 m. – 335 vietų ligoninė ir poliklinika ir kitos įstaigos bei gamyklos. 1974 m. pradėta naujo mikrorajono statyba Rimkų kaime. 1980 m. Jonavos rajone gyveno 47500 žmonių. 1986 m. Jonavoje pastatytas naujas tiltas per Nerį.
​

​Tautinis atgimimas devintojo dešimtmečio pabaigoje, prasidėjus SSRS pertvarkos politikai, ėmė reikštis ir Jonavoje. 1988 m. liepos 25 d. Jonavos statybos treste buvo įkurta Sąjūdžio rėmimo grupė. Pirmasis neformalus judėjimas – Lietuvos kultūros fondo rėmimo grupė, įkūrė klubą „Taurosta“, kuris aktyviai veikė. 1988 m. lapkričio 12 d. Sąjūdžio Jonavos rajono iniciatyva prie senosios arklių pašto stoties pastato, tuo metu ten buvo įsikūrusi biblioteka, iškilmingai iškelta pirmoji Jonavoje tautinė vėliava, prie pastato pritvirtinta memorialinė lenta. 1989 m. atidarytas Jonavos krašto muziejus. Vėliau muziejaus veikla išsiplėtė – buvo įkurti 3 filialai (Samulevičių sodyba, Tautodailės amatų centras ir Turizmo informacijos centras). 
​

​Atkūrus Lietuvos nepriklausomybę, sutvarkytos gatvės, prie tvenkinių kaskadų įrengti parkai, tvarkomi gyvenamieji mikrorajonai, miestas gražiai apželdintas; pastatyti paminklai dramaturgui ir poetui Petrui Vaičiūnui (1990 m., skulptorius Vladas Vildžiūnas), raštijos pradininkui Abraomui Kulviečiui (1995 m., skulptorius Vidas Cikana), Laisvės kovotojams (1994 m., architektas Vytautas Juraška) ir daugelis kitų. 
​

​1996 m. spalio 18 d. patvirtintas Jonavos miesto herbas.  1996 m. rajone buvo 52286 gyventojai (mieste – 34695, kaime – 17591).

2009 m. rajone veikė 5 vidurinės mokyklos, 1 gimnazija, 12 pagrindinių mokyklų, 3 pradinės mokyklos, 2 darželiai-mokyklos, jaunimo mokykla, Suaugusiųjų švietimo centras, Politechnikos mokykla, Meno mokykla, Kūno kultūros ir sporto centras, Kultūros centras. Kultūros centre įkurta meno galerija, kurioje eksponuojamos įvairios parodos. Čia susibūrę meno kolektyvai: pagyvenusių žmonių tautinių šokių grupė ,,Mazgytinis“, moterų choras ,,Guoba“, mišrus choras ,,Žemyna“, politinių kalinių ir tremtinių choras ,,Viltis“, folkloro grupė ,,Laduta“, humoro grupė ,,Provincija“, vaikų pop choras ,,Šuldu-buldu“, Jonavos savivaldybės teatras. Šviečiamąją ir kultūrinę veiklą aktyviai plėtoja ir Savivaldybės viešoji biblioteka, turinti 16 filialų. Jonavos rajono savivaldybė vysto tarptautinį bendradarbiavimą, kviečia partnerius į įvairius vizitus. Miestai, su kuriais bendradarbiaujama – Dečynas (Čekija), Jogeva (Estija), Riihimaki (Suomija), Kendzežynas-Kozlis (Lenkija), Pučoasa (Rumunija), Smila (Ukraina), Vadul lui Vodė (Moldavija), Zugdidis (Gruzija). Po Rusijos karinės invazijos į Ukrainą, įvykdytos su Baltarusijos valdžios pagalba, Jonavos rajono savivaldybė 2022 m. vasario 25 d. nutraukė bendradarbiavimą su Rusijos Bagrationovsko ir Baltarusijos Polocko miestais.

​Su užsienio valstybėmis ryšius palaiko daugelis Jonavos rajono įmonių. Rajonas patrauklus verslininkui, turistui, svečiui. Paruošė Regina Lukoševičienė, Rimantė Tarasevičienė Literatūra: Biržiška, Vaclovas. Abraomas Kulvietis // Pėdsakai. – 1946, Nr. 2, p. 16. Gečas, Steponas. Jonavos praeities puslapiai // Naujienos. – 1997, bal, 5, 8, 12, 14, 19, 24, 26; geg. 3, 15; birž. 14, birž. 17. Jankauskas, Vidmantas. Jonavos šv. Jokūbo bažnyčia ir parapija: istorinė apybraiža. – Jonava, 1993. – 61, [1] p. : nuotr. – Bibliogr. : p. 58-61. Jankauskas, Vidmantas. Ko nenusinešė laikas: kultūros ir istorijos apybr. – Jonava, 1992. – 102, [2] p. Jonavos kraštas : [informacinis leidinys]. – Kaunas, 2002. – 40 p. : iliustr., žml. Jonavos kraštas = Jonava land : [fotoalbumas / vertė Vijolė Arbas]. – [Kaunas], 2005. – P. 4-5. Jonavos kraštas : [informacinis leidinys] = Land of Jonava / [tekstas R. Karaliūnienės, D. Simanaičio; vertimas į anglų kalbą N. Kasperiūnienės]. – [Klaipėda], 1996. – 23 p. : iliustr. – Gret. tekstas angl. Jonavos krašto kapai ir paminklai : (nepriklausomybė, tremtis, rezistencija, Atgimimas) / [medžiagą rinko ir sudarė Regina Karaliūnienė]. – Jonava, 1998. – 31, [1] p.: iliustr. Jonavos krašto žmonės : Jonavos įkūrimo 250 metų jubiliejui / Jonavos rajono savivaldybės viešoji biblioteka ; [sudarė Regina Lukoševičienė, Nijolė Šaparavičienė]. – Jonava, 2000. – 198 [1] p. : iliustr. Judrys, Vincas. Jonava. – Vilnius, 1972. – 125, [2] p. : iliustr. Karaliūnienė, Regina. Jonava – Lietavos kraštas. – Vilnius, 1999. – 63, [1] p.: iliustr. – Santr. angl. Kitrienė, Domicelė. Pėdos Skarulių smėlyje. – Jonava, 1997. – 237, [1] p.: iliustr. Kudaba, Česlovas. Iš Lietuvos geografijos abėcėlės // Mokslas ir gyvenimas. – 1975, Nr. 4. Kviklys, Bronius. Mūsų Lietuva. – Vilnius, 1991. – T. 2, p. 456–460. Lenčiauskas, Julius. Jonavos rajonas. – Vilnius: Mintis, 1990. – 58, [2] p.: iliustr. Lukšaitė, Ingė. Reformacija Lietuvos Didžiojoje Kunigaikštystėje ir Mažojoje Lietuvoje. – Vilnius, 1999. – P. 454-596. Miškinis, Algimantas. Jonavos statybos bruožai (1740-1941) // Lietuvos TSR architektūros klausimai. – T. VII (1) (1981), p. 117-138. Mūsų kraštas : Lietuvos kraštotyros draugijos leidinys / vyriausioji redaktorė Irena Seliukaitė. – Vilnius, 2001. – 176 p. Naujienos : Jonavos rajono laikraštis. - Jonava : Naujienos, 1992- Vietinės reikšmės architektūros paminklo – buv. Žeimių dvaro ansamblio istoriniai ir menotyriniai tyrimai : tyrimų ataskaita. – Vilnius: Paminklų konservavimo institutas, 1981. – P. 5.